L'établissement compte 12 divisions :
3 classes de 6ème
3 classes de 5ème
3 classes de 4ème
3 classes de 3ème
avec un effectif maximum par classe de 28 élèves.
Depuis la rentrée scolaire 2014/2015 un groupe bi-langue (anglais-allemand) a été créé.
La seconde langue vivante enseignée au collège Saint-Exupéry est l'espagnol.
Les cours peuvent se dérouler de 8h30 à 12h30 et de 14h00 à 18h00 les lundi, mardi, jeudi et vendredi et de 8h30 à 12h30 le mercredi.
Le dispositif "devoirs faits" existe et les élèves peuvent s'y inscrire en fonction de leur emploi du temps de 8h30 à 18h, ainsi que le mercredi de 13h30 à 15h.
Depuis la rentrée 2018/2019:
- Une option "brevet d'initiation aéronautique" (BIA) est offert en option aux élèves de 3ème.
- L'option "médias" est proposée en option aux élèves de 4ème