Les EPI s'inscrivent dans l'un des 8 thèmes de travail suivants :
- Corps, santé, bien-être, sécurité ;
- Culture et création artistiques ;
- Transition écologique et développement durable ;
- Information, communication, citoyenneté ;
- Langues et cultures de l’Antiquité ;
- Langues et cultures étrangères ou, le cas échéant, régionales ;
- Monde économique et professionnel ;
- Sciences, technologie et société.
Au moins 6 de ces thèmes seront traités par chaque élève au cours du cycle 4, à raison d'au moins 2 thèmes différents traités chaque année.
Par ailleurs, ils contribuent également aux trois parcours éducatifs : le parcours citoyen, le parcours d'éducation artistique et culturelle (PEAC) et le parcours individuel d'information et de découverte du monde économique et professionnel.